Добрый день!
Как насчёт того, чтобы в Linux-версии файл settings.inf сохранялся в домашней папке пользователя ( т.е., примерно так: "~/.smath/settings.inf" или "~/.config/smath/settings.inf" )?
Тогда можно было бы собрать пакет и установить программу в систему, при этом у всех пользователей были бы свои настройки.