Многие CAD'ы используют идеологию слоёв в документах. Классика - это Автокад, Фотошоп
Слои удобны тем, что управляя ими можно манипулировать однотипными коллекциями объектов.

Для математической программы, думается мне, было бы удобным иметь такую возможность.
Хотя бы для удобства печати. Можно сделать слой "комментарии" и "оригинал", к примеру.
В слое "комментарии" делать пометки в документе, которые будут видны, но при печати не выбирать этот слой и распечатается только "чистовик" без пометок.

Т.е. я предлагаю к каждому "региону" как классу добавить поле "слой", а в интерфейсе отразить манипуляцию с ними: показать, скрыть, удалить, склеить и т.п. При этом, если кому-то не нужно такое деление, то он может работать с одним единственным слоем.

Идея хороша. Поддерживаю.

плюшка зачетная. но намечается тенденция к обрастанию проги всякими рюшечками, а вот символьный движок все еще уныл чуть менее, чем полностью(( элементарный двойной интеграл считается только через *опу

Как раз наоборот, такие рюшечки должны быть в самой программе, чтобы удобно было работать. По крайней мере, большинство пользователей на данном форуме жалуется на нехватку возможностей по оформлению.

p.s.: сейчас с помощью плагинов можно добавлять не хватающий функционал, в том числе и для символьного движка. Так что все в руках сообщества

Создание слоев не будет слишком трудоемким и код программы не сильно выростит.
Приведу пример нужности экранного слоя (который не печатается).
Например, сделать системную комнаду установки отображения точности результата (до целых,до сотых, до тысячных и т.д.). Эту команду пользователь по своему желанию может помещать на экранный слой. Просто иногда в расчетах требуется разная точность отображения при расчете и команду смены точности можно прятать на этоот слой.
Еще пример, идет расчет количества человек, ответ получается пусть 1,5. Понятно что нельзя принять полтора человека в ответе. Команду округления можно так же спрятать на экранный слой чтобы она не смущала того человека, который будет читать потом расчет и который не знает что такое round (какой-нибудь препод старой закалки).
Если подобные вещи будут приняты к реализации, то рекомендую экранный слой (тот который не печатается принтером) делать серым, чтобы было видно то что на печать не идет.