http://en.smath.info/forum/yaf_postst2152_include.aspx
Но это односторонняя связь
Ещё: http://en.smath.info/forum/yaf_postst7452_Run.aspx
Здесь можно реализовать так:
главный файл генерирует файлы данных (wfile), потом запускает модуль (Run), там эти данные считываются (rfile), обрабатываются и результат пишется в (другой) файл данных (wfile). После этого можно считать это в основном файле (rfile).
Вот скриншот, сделанный ndtma, из ветки плагина Run, демонстрирующий принцип:

(проблемы, показанные на скриншоте, Davide обещал исправить в следующей версии Smath)
С уважением,
Михаил Каганский